电影《变蝇人回归》讲述了科学家塞斯·布林克利和他的助手安妮在进行时空传输实验时，不慎将一只苍蝇与塞斯混合在一起，导致塞斯的身体开始发生异变。他的头部逐渐变成了苍蝇的头，同时保留了人类的思维和情感。

塞斯的身体变化引起了政府和科学界的关注，他们试图将塞斯隔离起来进行研究。然而，塞斯却试图逃脱，因为他无法接受自己变成苍蝇的命运。他展开了一场逃亡之旅，同时也在努力寻找恢复的方法。

在逃亡过程中，塞斯遇到了各种危险和挑战，但他始终不放弃寻找恢复的希望。他最终找到了一位名叫海伦的女科学家，海伦在研究苍蝇的基因时发现了逆转变化的方法。然而，这个方法需要塞斯和安妮共同进行，因为他们的DNA已经混合在一起。

在一场惊心动魄的实验中，塞斯和安妮成功地逆转了变化，塞斯重新变回了人类。然而，他们的身体却变得异常虚弱，需要时间来恢复。最终，他们逃离了实验室，开始了新的生活。