《北冥有鲲》的剧情设定在一个充满神秘色彩的中国古代世界。影片以一座位于北冥边陲的小镇为背景，这里平静而宁谧，却因一只传说中的巨兽“鲲”的出现而打破宁静。这只鲲，传说中拥有巨大的力量和无尽的智慧，它的出现让小镇的居民既感到恐惧又充满好奇。

影片的主角是一位年轻的渔夫，他勇敢地决定探索鲲的秘密，希望借此为自己和小镇带来和平。他在与鲲的接触中，逐渐发现鲲并非传说中的那般邪恶，而是被某种力量所困，无法离开北冥。

随着渔夫对鲲的了解加深，他发现小镇上隐藏着一个更大的秘密，这个秘密与鲲的命运紧密相连。为了解开谜团，拯救小镇和鲲，渔夫踏上了一段充满未知与危险的旅程。

影片以一场震撼人心的决战作为高潮，渔夫与鲲联手对抗那股神秘力量，最终揭示了真相，也让小镇和鲲都得到了新生。