电影《原来我爹是秦始皇》设定在一个充满奇幻色彩的历史背景之下。影片开头，主人公李轩在一次偶然的机会下，发现了一本尘封的家族古籍，里面记载着一段惊人的秘密——他的祖先竟然是千古一帝秦始皇。

随着李轩对古籍的深入研究，他逐渐发现自己身上流淌着不同寻常的血脉。一次意外，他穿越时空回到了秦朝，亲眼见证了秦始皇统一六国的伟业，也体验了那个时代的风云变幻。

在秦朝，李轩与秦始皇产生了深厚的父子情。他见证了秦始皇的英明与暴戾，也见证了秦朝的兴衰荣辱。在这个过程中，李轩逐渐明白了责任与担当的意义，也学会了如何面对自己的命运。

最终，李轩带着从秦朝学到的智慧和勇气，回到了现代。他不再是一个普通的青年，而是一个承载着历史使命的传承者。电影以李轩的成长与蜕变为主线，展现了一个跨越时空的传奇故事。