《家庭私小说》的剧情紧凑而深刻，围绕着一个非传统的家庭展开。哲郎，一个经营餐馆的中年男子，与亚纪，一个在设计公司工作的年轻女性，过着自由而不受束缚的同居生活。他们的关系开放而独立，彼此不干涉对方的私生活。

然而，平静的生活被哲郎的前妻的车祸打破。哲郎不得不将8岁的儿子俊介接回家中照顾。亚纪虽然对哲郎的决定感到不满，但还是接受了这一变化，尝试与俊介相处。然而，俊介对亚纪的到来充满了敌意，他认为是亚纪夺走了他的父爱。

在共同生活的过程中，亚纪和俊介的关系始终紧张。亚纪因工作和家务的压力变得情绪不稳定，而俊介则因思念母亲而偷偷跑回家。最终，俊介的母亲康复，他回到了母亲身边，亚纪也离开了哲郎。电影的结局留下了一个开放的问题：哲郎和亚纪能否找回他们曾经的生活？