故事发生在1964年的6月，一辆载有三位民权主义者的车辆被三K党所劫持，之后一行人音信全无。鲁帕特（吉恩·哈克曼 Gene Hackman 饰）和艾伦（威廉·达福 Willem Dafoe 饰）是两帮调查局的探员，他们被指派调查这起恶劣的事件，然而，当两人到达小镇开始调查时，却发现他们的工作遭遇了重重的困难，没有人愿意相信他们，更没有人能够提供有价值的线索。　　皮尔（布拉德·道里夫 Brad Dourif 饰）是小镇的副镇长，同时亦是一名坚定的三K党成员，个性粗暴邪恶的他常常将软弱温和的妻子（弗兰西斯·麦克多蒙德 Frances McDormand 饰）揍得遍体鳞伤。鲁帕特十分同情皮尔妻子的遭遇，随着时间的推移，皮尔的妻子渐渐对鲁帕特产生了感情，这让鲁帕特和艾伦看到了案件的突破口。

1964 年，三名民权工作者（两名犹太人和一名黑人）在密西西比州杰赛普县组织非裔美国人选民登记时失踪。联邦调查局派艾伦·沃德和鲁珀特·安德森前往调查。沃德是北方人，级别较高，但比安德森年轻得多，他按照书本进行调查。相比之下，前密西西比州警长安德森的做法则更为细致。两人发现很难对当地城镇居民进行采访，因为警长雷·斯塔基和他的副手对公众有影响力，并且与三K党的一个分支有联系。副警长克林顿·佩尔的妻子在一次谨慎的谈话中向安德森透露，三名失踪男子已被谋杀，他们的尸体被埋在土坝中。佩尔发现妻子的背叛后，残酷地殴打了她，以示报复。

沃德和安德森的不同方法导致了一场肢体冲突，沃德获胜，但承认他的方法无效，并全权让安德森以他的方式处理问题。安德森制定了一项计划，以侵犯公民权利的罪名起诉三K党成员，而不是谋杀，因为公民权利是联邦指控，与州一级的谋杀指控相比，定罪更加确定。联邦调查局安排绑架了蒂尔曼市长，把他带到一个偏僻的小屋，在那里他和一名黑人在一起，黑人威胁要阉割他，除非他说出来。蒂尔曼向他完整描述了杀戮事件，包括涉案人员的姓名。据透露，绑架者是一名联邦调查局特工，被指派恐吓蒂尔曼。尽管所获得的信息因胁迫而无法在法庭上被采纳，它确实对调查人员有价值。

安德森和沃德制定了一个计划，引诱已确定的三K党合作者参加一场虚假会议，但这些人很快意识到他们已经被陷害，并没有讨论谋杀案就离开了。随后，联邦调查局将注意力集中在莱斯特·考恩斯身上，他是一名值得关注的三K党成员，他表现出紧张的举止，特工们认为这可能会招供。联邦调查局把他带走并审问他。安德森在当地理发店与佩尔发生争执，以报复他对妻子的袭击，然后离开。后来，考恩斯在家时，一支猎枪的爆炸震碎了他的窗户。在看到草坪上有一个燃烧的十字架后，他试图驾驶卡车逃跑，但被几个蒙面男子抓住，他们打算绞死他。该团队赶来营救他，并上演了整个场景，其中蒙面男子被发现是其他联邦调查局特工。

考恩斯认为他的乡巴佬兄弟因为他向联邦调查局供认而威胁了他的生命，因此将他的同伙归咎于他。三K党成员都被指控侵犯公民权利，因为这可以在联邦一级起诉（谋杀在1964年是州级指控）。大多数肇事者都被定罪，而斯塔基则被无罪释放。联邦调查局后来发现蒂尔曼上吊自杀，沃德和伯德对于原因没有得出结论。佩尔夫人回到了被破坏者彻底洗劫一空的家。她决心留下来重建自己的生活，摆脱丈夫的束缚。在离开小镇之前，安德森和沃德参观了聚集在非裔美国人墓地的一个综合会众，那里的黑人民权活动家被亵渎的墓碑上写着“没有被遗忘”。