《隐世狼女第二季》改编自小说《Women of the other world》，讲述了主人公Elena Michaels是一名女摄影师。她一直隐藏着自己的真实身份并努力过着平常人的生活。可惜事与愿违，一通神秘来电打破了她平静的生活。从古至今一直是狼人庇护所的Stonehaven接连出现尸体，狼人族群收到未知猎人的匿名威胁。被迫回到Stonehaven的Elena能否揭开血案后的真相？她又能否从狼人的世界中全身而退？狼人族群的未来又何去何从？一切的一切都把握在世界上唯一硕果仅存的女狼人Elena的手中。

当埃琳娜和狼群追捕马尔科姆时，国际阿尔法委员会告诉杰里米杀死马尔科姆，否则就会失去对北美的控制。洛根独自寻找瑞秋，并计划在找到她后转入地下。

当狼群审问马尔科姆时，克莱调查了一个神秘的符号，并了解了更多关于他的过去。狼群发现了一群女巫，其议程与狼群的计划相冲突。

女巫们偷走了马尔科姆后，狼群得知他是为了找回十二岁女孩萨凡娜的诱饵。狼群和女巫集会不情愿地联手对抗共同的威胁，这导致女巫们失去了一名成员，马尔科姆最终死去，埃琳娜被绑架。回想起来，我们看到萨凡纳在佩奇面前被从家里偷走的那一天。

埃琳娜被一个强大的邪教绑架，也就是控制萨凡纳的邪教，并遭受痛苦的考验。一项测试几乎让她震耳欲聋。埃琳娜与萨凡纳有些关系。与此同时，女巫和狼群决定使用黑魔法来寻找萨凡纳和埃琳娜。与此同时，洛根找到了瑞秋，他们试图离开。

埃琳娜奋力求生，而狼群和族群则试图解开阿莱斯特的身份和他的住所位置之谜。在回忆中，鲍尔博士遇见了阿莱斯特。与此同时，雷切尔似乎被洗脑了，直到她没有被洗脑。她设法从每个人身上抹掉这些品牌，但不是永久的。她去找洛根。

阿莱斯特使用魔法将埃琳娜最黑暗的恐惧转而对抗她。与此同时，克莱和佩奇在寻找邪教大院时互相争斗。洛根和瑞秋逃离了大院。在闪回中，我们看到了露丝生下阿莱斯特的那一天。

当西班牙阿尔法试图勒索杰里米杀死俄罗斯阿尔法时，狼群聚集在杰里米周围，但萨凡纳的来访破坏了他们的计划。与此同时，西班牙阿尔法雇佣马斯滕杀死杰里米。

阿莱斯特将克莱的思想困在自己的潜意识中，占有他的身体并潜入斯通黑文，企图绑架萨凡纳。与此同时，埃琳娜和狼群学会了一种摆脱阿莱斯特的危险方法，这给克莱带来了一些后果。

在寻找阿莱斯特的过程中，埃琳娜和她的同伴发现了他和他的助手克拉拉对萨凡纳的邪恶计划。露丝还有另一个击败阿莱斯特的计划。洛根遇见了瑞秋，因为她的谎言，加入了搏击俱乐部并与扎克利·凯恩打架。

埃琳娜和狼群发起了与阿莱斯特的最后对决，冲进德尔菲大楼以拯救萨凡纳、女巫和狼人。