《沉睡谷 第二季》的剧情围绕着美国独立战争时期的上尉Ichabod展开。在战场上斩首敌军骑士后，他意外被时空漩涡卷入，自称为从“地狱”归来，却降临在250年后的现代沉睡谷。此时的世界濒临毁灭，Ichabod成为了人类的最后希望。

他遇到了现代沉睡谷的女执法官Abbie Archer，两人携手合作，共同探寻一个惊天的秘密。这个秘密不仅关乎他们的命运，更可以追溯至美国独立之初，与那些宪法创始人紧密相连。

随着剧情的推进，他们遭遇了各种挑战和危险，不仅要面对来自外部势力的威胁，还要解开一个个谜题，逐步揭开秘密的真相。在这个过程中，他们不断发现自己的能力和潜力，也逐渐建立了深厚的信任和感情。