《武林外传 2006》的剧情围绕七侠镇的同福客栈展开，这里聚集了一群性格迥异的江湖人物。家世显赫的郭芙蓉，因不满父亲大侠的阴影，离家出走，意外被困在同福客栈，从此开始了她的杂役生涯。客栈掌柜佟湘玉机智善良，与伙计们一同应对各种挑战。

在剧情中，郭芙蓉多次与客栈中的白展堂发生冲突，她渴望证明自己的武艺，但总是被其他人物巧妙化解。同时，同福客栈也接待了众多江湖人物，他们的故事交织在一起，构成了丰富多彩的武林世界。

随着剧情的发展，郭芙蓉逐渐成长，她学会了与人相处，也理解了真正的江湖并非只有武力和争斗，更多的是人与人之间的情感与责任。最终，她与同福客栈的伙伴们一同守护了这片江湖的和平与安宁。