《远东特遣队之密令截击》的剧情发生在1945年的夏天。日军计划派遣一支由六十八名将佐级军官组成的战地考察团前往伪满洲国进行考察，这一重要情报被苏联情报部门截获。为了打击日军的这一重要行动，苏联特遣队被紧急派遣，他们乔装成新京大学师生，秘密潜入双鸭山，并与当地情报员麻五取得了联系。

然而，日军为了保障考察团的安全，派出了顶尖谍报人员“黑貂”进行指挥。特遣队首次袭击因“黑貂”的狡诈而失败，并有多名队员被俘。在之后的搜捕中，特遣队副队长安哲民与“黑貂”展开激烈交手，最终将其打昏。

特遣队决定撤出城外，重新策划。通过一系列巧妙的策略，他们不仅瓦解了日军的暗哨，还成功打探到考察团抵达的准确时间。最终，在土匪头子“震三炮”的帮助下，特遣队利用弹弓将炸弹弹入车站，成功将日军高级考察团消灭在火海之中。