《石门风云》的剧情发生在1948年的石家庄，这座刚解放不久的城市正处于国民党反动派的阴谋之中。国民党策划了一场名为“穿心行动”的奇袭，意图摧毁我党中央的重要基地西柏坡。

市公安局侦查科长秦吾生接到任务，带领小分队去抓捕敌特电台。然而，行动却陷入了特务的圈套，一场大爆炸导致五人小组中仅秦吾生一人生还。因此，秦吾生被怀疑，并受到组织的隔离审查。

在审查期间，市公安局的秋石副局长离奇去世，同时，国民党北平情报站得到了一份关于中央五大书记在西柏坡开会的绝密情报。经过调查，秦吾生发现局内有叛徒，并锁定了两个怀疑对象。为了揪出叛徒，秦吾生设立了一个秘密电台，最终成功引诱出叛徒，挫败了敌人的阴谋。整个剧情充满了紧张刺激的谍战元素，展现了共产党人在解放战争时期所面临的严峻挑战。