电影《名侦探柯南:江户川柯南失踪事件史上最惨的两天》的剧情紧凑且扣人心弦。故事发生在柯南一行人前往公共浴池时,柯南意外滑倒撞到头部,失去记忆后被两名神秘人物带走。这两名人物其实是与黑社会有牵连的杀手近藤和天才诈欺师娜娜。他们将柯南带到一处隐蔽的别墅,并伪装成他的父母。
与此同时,柯南的朋友们和小兰、灰原哀为了寻找他而四处奔波。另一边,供职于某杂志的编辑水岛早苗怀疑丈夫近藤有外遇,并找到毛利小五郎调查。随着剧情的推进,一个针对特定人物的炸弹袭击阴谋逐渐浮出水面。柯南虽然失忆,但凭借本能和智慧,逐步揭露了这一切的真相。