《反叛的鲁路修夺还的罗赛》设定在一个被不列颠帝国统治的未来世界，日本成为其名为“11区”的殖民地。剧情紧接原作动画的后续，讲述了鲁路修在失去记忆后被帝国重新洗脑，成为一名普通学生的生活。然而，命运的轮盘再次转动，当鲁路修与弟弟罗洛意外遭遇黑色骑士团余党时，他尘封的记忆被唤醒。

面对帝国的暴政，鲁路修决定重拾ZERO的身份，与黑色骑士团一同对抗帝国的统治。然而，他不仅要面对帝国的强大军力，还要面对内心的挣扎和外界的质疑。在夺回罗赛（原日本首都）的战斗中，鲁路修展现出卓越的领导力和GEASS力量的强大，但同时也体验到了孤独和背叛。

最终，鲁路修在决战中取得了胜利，但他也深刻体会到了权力的代价和孤独的痛苦。在故事的结尾，鲁路修做出了一个令人震惊的决定，为这个世界带来了真正的和平与变革。