《迪迦奥特曼：最终圣战》（台版译为《不败的勇者》）剧情紧凑，充满奇幻色彩。故事发生在迪迦奥特曼击败邪神加坦杰厄后的两年。TPC（地球和平联合组织）内部矛盾激化，为增强战力，TPC启动了绝密F计划，旨在探索露露耶超古代遗迹，寻找新力量。然而，这一行动意外复活了三千万年前被迪迦封印的三名黑暗巨人——卡蜜拉、达拉姆和希特拉。

黑暗巨人们苏醒后，放出佐加幼鸟攻击调查队，同时幽怜借居间惠队长之口布下结界保护人类。圆大古因一系列离奇幻觉，逐渐揭开自己与黑暗迪迦的过往。为救队长，大古孤身前往露露耶，最终变身黑暗迪迦打破结界，但随即陷入与黑暗巨人的激战。在一番苦战后，迪迦重获光明力量，并进化为闪耀迪迦，成功击败卡蜜拉召唤的怪兽迪莫杰厄。战后，露露耶遗迹再次沉入海底，黑暗能量消散，大古与丽娜也步入婚姻殿堂，预示着新的和平时代到来。