《国师大人凶且甜》的剧情围绕着现代女性李钦南的奇遇展开。李钦南因反抗上司骚扰而被解雇，在回家的路上不幸掉进下水道，昏迷中她梦见自己穿越到了古代大奇国，成为了礼部侍郎家的三小姐邱玉珂。邱玉珂醒来后，得知自己已被赐婚给当朝的国师，心中充满了逃婚的念头。

在逃婚的过程中，邱玉珂与神秘莫测的国师明净川不期而遇，甚至与他猝然接吻。明净川表面身份是皇子老师，但真实身份只有皇帝知晓，他其实是来自外星球的访客，多年前因失去心爱之人阿栗而孤独至今。阿栗与邱玉珂的惊人相似，让明净川重燃希望，他试图揭开两人之间的关联，因此频繁地接近邱玉珂。

为了筹集离开古代的资本，邱玉珂利用超越时代的烹饪技艺和商业智慧积累财富，然而却被明净川以各种理由“索赔”，甚至被迫签下大额债务，并成为他的邻居接受“监视”。在这一过程中，邱玉珂发现了能返回现实世界的线索，却被明净川抢先一步占有，两人的误解由此加深。然而，随着剧情的推进，邱玉珂与明净川的关系逐渐升温，变成了一对相爱相杀的欢喜冤家。