《黑蜥蜴》的剧情紧凑且充满悬念。故事围绕富豪兼珠宝商岩濑庄兵卫展开，他收到了一封神秘的预告信，信中暗示其独生女岩濑早苗已被绑架，同时家族珍藏的大宝石“埃及之星”也被抢走。岩濑心急如焚，立即委托名侦探明智小五郎来保护女儿，并协助找回宝石。

明智小五郎迅速行动，与部下小林芳雄、木内文代以及警视厅搜查一课的浪越警部共同负责警备工作。然而，就在他们严密布控之际，早苗还是遭到了绑架。明智在调查过程中，逐渐锁定了珠宝店的常客绿川夫人为嫌疑人，并对她展开了穷追不舍的追踪。

在一系列斗智斗勇的较量中，明智与绿川夫人之间产生了微妙的情感纠葛，两人在互相探究对方内心世界的过程中被对方所吸引。与此同时，岩濑庄兵卫为了找回女儿和宝石，不惜一切代价，甚至陷入了更大的危机之中。最终，在一场惊心动魄的对决中，真相大白，所有的谜团都得到了解答。