《一兆游戏 动画版》的剧情围绕着两位主角阿阳和阿学展开。

阿学是一个计算机宅男，某日他遭到了混混的纠缠，幸得隔壁班的阿阳出手相助。阿阳脑子转得快、八面玲珑，但做起坏事来却不懂得收敛。而阿学虽然有着沟通障碍，但在计算机知识方面却非常丰富。两人因此结缘，成为了互补的最强搭档。

毕业后，阿阳和阿学决定共同创业，他们的目标是赚到能买下世界上任何想要东西的“一兆美元”。为了实现这个目标，他们决定挑战世界级黑客大赛SECCHAM。

在比赛过程中，阿阳和阿学凭借各自的特长，不断突破难关，战胜了一个又一个强敌。他们不仅展现了出色的计算机技术和黑客技能，还通过团队合作和智慧，化解了无数危机。

随着比赛的深入，阿阳和阿学逐渐发现了隐藏在比赛背后的巨大阴谋。他们决定联手揭露真相，阻止邪恶势力的计划，保护世界的和平与安全。最终，在经历了一系列惊心动魄的挑战后，阿阳和阿学成功达成了他们的目标，并赢得了世界级黑客大赛的冠军。