《浪客剑心 明治剑客浪漫谭 第二季》的剧情在维新政府建立后的京都展开。在一个宁静的小村庄，剑心偶遇了美丽的少女神谷薰。薰告知剑心，有人冒充拔刀斋在村里作恶，此人名叫此留间五兵卫。薰试图以竹刀对抗五兵卫，但实力悬殊，命悬一线。关键时刻，剑心如闪电般出现，救下了薰。五兵卫惊愕之余，劈了个空，薰已被这位手持逆刃刀的红发少年紧紧抱在怀中。

薰惊讶地发现，救自己的人正是传说中的刽子手拔刀斋，但现在的他已不再杀人。薰对剑心的过去充满好奇，也希望他能结束流浪，留在道场，以剑保护受苦受难的人。薰还透露了自己的身世，她的父亲是神谷活心流的传人，一直秉持以剑活人、以剑救世的信念。

随着剧情的深入，剑心与薰一同面对各种挑战，他们身边也聚集了一群志同道合的伙伴。他们不仅要应对来自黑帮和反抗势力的威胁，还要面对那些试图颠覆维新政府统治的阴谋家。在这个动荡不安的京都，剑心与伙伴们携手并肩，共同守护和平与正义。