《神选第二季》的剧情围绕就读于东京都内私立高中的高一学生护郎展开。护郎原本是一个没有“希望”、“梦想”和“野心”的普通高中生。某天,他的手机突然收到了一条奇怪的通知:“你被选中了,请说出你的愿望。”在护郎许下一个愿望后,这个愿望竟然真的实现了。然而,就在护郎为愿望成真而惊讶不已时,一个神秘的女孩拉尔出现在了他的面前,她向护郎宣告了一个残酷的命运:护郎被“伟大的意志”选中,为了实现他的愿望,他必须与其他神候选人竞争“神”的位置。
这场竞争异常激烈,参与者们需要互相残杀,直到最后只剩下一个存活者。护郎在这场残酷的选拔中逐渐意识到,他所许下的愿望背后隐藏着巨大的代价,而他也不得不面对自己内心的挣扎和抉择。随着选拔的进行,护郎与其他候选人之间的关系也变得复杂起来,他们之间的友谊、背叛和战斗交织在一起,构成了这部动漫扣人心弦的剧情。