《潜入兄妹 特殊诈欺特命搜查官》的剧情紧凑且引人入胜。

渡良濑贵司是一名警察，在妻子离世后，他独自抚养儿子贵一和女儿优贵。贵一追随父亲的脚步，也成为了一名警察，而优贵则在高中时期就展现出了黑客的天赋。然而，兄妹俩却亲眼目睹了父亲被身份不明的人杀害，凶手手背上有一个“凤凰”纹身成为了唯一的线索。

为了给父亲报仇，贵一辞去了警察的工作，与优贵一起追查凶手。五年后，他们终于追查到了凶手是日本最大诈骗组织“幻兽”的高级成员，而组织的首领被称作“凤凰”。

为了查明“凤凰”的真实身份，贵一和优贵决定隐瞒身份潜入“幻兽”。在作为组织一员活动的同时，他们试图接近“凤凰”并查明真相。在这个过程中，他们不仅要面对组织内部的种种考验，还要时刻警惕不要被发现身份，否则将面临生命危险。

兄妹俩在潜入过程中，逐渐揭露了“幻兽”组织的种种罪行，并与守护他们的刑警入间慎之介一起，与恶势力展开了激烈的斗争。