在动漫《妻子变成小学生》中，故事围绕着主角新岛圭介展开。十年前，圭介失去了他挚爱的妻子贵惠，此后他一直沉浸在悲伤中无法自拔，与独生女麻衣的生活也变得压抑而沉闷。然而，某天，一个背着双肩包的小学生白石万理华突然出现在他们家中，她惊人地宣称自己就是十年前去世的贵惠。

万理华不仅准确地说出了圭介与贵惠之间的秘密，其语调和气质也与贵惠极为相似，这让圭介和麻衣不得不相信她的身份。尽管她现在是小学生的模样，但圭介仍然深情地称呼她为妻子，并尝试以夫妻的身份与她相处。万理华也尽力融入这个家庭，她给圭介做爱心便当，鼓励麻衣勇敢步入社会，三人共同度过了许多温馨的时光。

然而，这个特殊的家庭组合也面临着诸多挑战。万理华需要在两个家庭之间做出抉择，而圭介和麻衣也必须学会接受这个突如其来的变故。在经历了一系列的事件后，他们逐渐找到了属于自己的幸福之路，共同面对未来的挑战。