《浪客剑心明治剑客浪漫谭第二季》的剧情延续了该系列的经典风格，聚焦于绯村剑心与他的伙伴们在新时代的冒险与挑战。剑心，这位曾经的“千人斩拔刀斋”，在维新派时期曾以刽子手的身份杀人无数。但在新时代，他选择放下屠刀，以一柄逆刃刀行走江湖，立志不再杀人。

第二季的故事发生在古城京都，剑心与阿薰等伙伴们一同踏上了对抗强敌的旅程。他们面对的敌人中，包括了实力强大的十本刀以及最强反派志志雄真实。志志雄真实与剑心之间有着深厚的渊源，两人的对决充满了紧张与刺激，同时也揭示了更多关于过去的秘密。

在这一季的冒险中，剑心不仅要用他的剑术保护身边的人，还要面对自己内心的挣扎与成长。他与伙伴们一同经历了生死考验，展现了深厚的友谊与信任。同时，他们也揭露并阻止了一些政治阴谋，为日本的和平与稳定贡献了自己的力量。