《名侦探柯南》的剧情围绕着一位名叫工藤新一的高中生侦探展开。原本以卓越推理能力闻名的新一，在一次追踪黑衣组织的行动中不幸被发现，并被灌下了一种名为“APTX4869”的神秘毒药。由于体质特殊，他并未因此丧命，但身体却缩小成了孩童的大小。为了隐藏身份并继续追查黑衣组织，新一化名为江户川柯南，并寄住在青梅竹马毛利兰的家中。

在柯南的日常生活中，他不仅要面对来自黑衣组织的威胁，还要帮助毛利兰的父亲毛利小五郎解决各种棘手的案件。柯南常常利用阿笠博士发明的手表型麻醉枪和蝴蝶结变声器，让毛利小五郎在沉睡中破案，而他则隐藏在幕后，运用自己超凡的推理能力揭露真相。

随着剧情的发展，柯南不仅逐渐揭露了黑衣组织的秘密，还结识了一群志同道合的朋友，包括吉田步美、小岛元太、圆谷光彦等小学生，他们一同组成了少年侦探团，共同面对各种挑战和谜团。