《魔王2099》的剧情设定在统一历2099年的未来都市新宿市。这座城市融合了魔导技术和科学技术，形成了高度发达的赛博朋克世界。尽管表面光鲜亮丽、科技繁荣，但背后隐藏着人性和社会的黑暗。

传说中的魔王贝尔托尔，在被勇者消灭了500年后，再次以新的形态回到这个未来世界。他发现，现在的世界已经发生了翻天覆地的变化，魔法与科技深度融合，人类、兽人、半机械人和仿生人共同生活在这个高科技的都市中。为了揭示新宿市背后的黑暗真相，贝尔托尔开始了他的新冒险。

贝尔托尔面对的世界不再是单纯的魔法世界，而是一个充满挑战的全新环境。他不仅要对抗那些拥有高科技武器的敌人，还要应对城市中复杂的政治和人际关系。在这个过程中，他得到了最忠诚的臣子玛奇娜的帮助。玛奇娜不仅是他的得力助手，也是他在冒险中的精神支柱。

贝尔托尔和玛奇娜在新宿市中经历了许多危险和困难，但他们始终保持着坚定的信念。他们相信，通过揭示隐藏在城市背后的真相，能够改变这个世界，让它变得更加美好。