《机动战士高达复仇的镇魂曲》剧情设定在宇宙世纪0079年，聚焦于吉翁公国与地球联邦之间的一年战争，特别是欧洲战线。故事围绕地球联邦军与吉翁公国军之间的残酷战争展开。

主角索拉利（Solari）带领的“红狼”部队，在基地被地球联邦夺回后，面临着一场紧张激烈的战斗。索拉利驾驶着新设计的Zaku II独特形态机体，该机体由不同类型的零件组装而成，具备防御光束武器的双层护盾与坦克履带等独特装备。

在这场战争中，观众可以看到经典的高达机体如Zaku、GM和Guntank，同时也会见到新设计的机甲。红狼小队的成员们，包括晋升为中尉的尼兰德·肖恩、性格无忧无虑的副官以及其他各具特色的队员，他们共同面对战争带来的挑战，展现出吉翁士兵的心理冲突与战斗中的人性抉择。

战争的残酷与个人的挣扎交织在一起，为观众呈现了一个复杂而真实的战场世界。