《侏罗纪世界：混沌理论第二季》的剧情在白垩纪营地事件发生六年后展开。此时，“努布拉六人”的成员正努力在一个充满恐龙和野心勃勃之人的岛屿上站稳脚跟。一场悲剧后，他们重聚并发现自己正被迫逃亡，由此迅速展开了一场全球冒险。

在这场冒险中，“努布拉六人”发现了一场威胁恐龙和人类的阴谋，他们决定揭开真相。随着故事的深入，恐龙们开始展现出前所未有的变异现象，如巨型蝴蝶、火焰恐龙等，这让他们的旅程更加惊险刺激。

探险者们不仅要面对这些变异的恐龙，还要应对隐藏在恐龙世界背后的秘密。他们与恐龙世界的互动也深刻探讨了人性，引发观众思考。

与此同时，探险者们面临着前所未有的挑战，包括恐龙追逐、空中激战等惊心动魄的场面。他们在这些挑战中展现出丰富的性格魅力，而新加入的角色如神秘的女科学家、硬汉军人等也为故事增色不少。