《青之驱魔师》的故事发生在一个存在着两个平行世界的宇宙中，一侧是人类居住的物质界，另一侧是恶魔居住的虚无界。两个世界本互不干涉，但恶魔出于对物质的凭依，开始干涉物质界，于是产生了驱魔师这一职业，他们使用各种武器和魔法来对抗恶魔。

主角奥村燐是一个看似平凡的少年，实则是魔界统治者撒旦与人类女子所生的儿子。他与双胞胎弟弟奥村雪男由强大的驱魔师藤本狮郎神父抚养长大，一直不知自己的恶魔血统。直到一次恶魔袭击藤本神父，奥村燐才得知自己的身世，并继承了撒旦的恶魔力量，身体能挥舞蓝色火焰。

尽管拥有恶魔血统，奥村燐还是决定追随养父的脚步，成为一名驱魔师，与黑暗势力斗争。他进入正十字学园学习驱魔知识，与各种恶魔战斗，揭开自己过去的秘密，同时应对那些害怕他恶魔本性的人的偏见和怀疑。奥村燐与奥村雪男一起，踏上了充满危险、阴谋和自我发现的旅程。