《旅行护士第二季》的剧情承接自前作，故事发生在2024年的日本。在这一季中，那须田步和九鬼静两位旅行护士，受雇于长期担任地区医疗核心的主干医院“西东京综合医院”。这家医院因前院长的腐败问题而被推上风口浪尖，随后，一位标榜“正确的医疗，正确的工作方式”的年轻有为的新院长上任，他着手进行组织变革，推进任务共享、勤务管理的彻底化以及医疗的可视化。

然而，这位新院长却成为了那须田步和九鬼静在本季中的最大阻碍。面对医生短缺、加班时间受限等重重压力，以及新院长所带来的工作方式改革，两人不得不再次携手，共同应对医疗界的新挑战。在一次次的交锋与合作中，他们不仅要为患者提供高质量的医疗服务，还要在混乱的医疗环境中坚守职业道德，传递关爱与温暖。

随着剧情的深入，那须田步和九鬼静逐渐揭露了医院内部的更多秘密，同时也在这一过程中，展现了医疗行业真实而动人的一面。