《四月一日灵异事件簿第二季》剧情承接前作，高中生四月一日君寻因异于常人的体质，能够看见并吸引各种鬼怪。这一特异功能给他带来了不少烦恼，于是他走进了壹原侑子所经营的神秘店铺。这家店号称能实现任何愿望，但委托人必须付出对等的代价。

为了摆脱能看见鬼怪的困扰，四月一日与侑子达成协议，代价是在她的店里打工。在打工期间，四月一日频繁遭遇怪异事件，穿梭于次元之间，见识了各种不可思议的现象。

与此同时，四月一日身边的好友百目鬼和小葵也发挥着各自特殊的能力。百目鬼拥有驱除妖魔的力量，而小葵则因体质特殊而总是招来厄运。

在一次次的冒险中，四月一日逐渐成长，对身边的朋友以及自己的能力有了更深的认知。他也逐渐明白，虽然能看到鬼怪带来了诸多不便，但这也是他生命中不可或缺的一部分。他与侑子、百目鬼、小葵等人共同面对各种挑战，展开了一系列惊心动魄的冒险。