《侏罗纪世界：混沌理论第二季》的剧情发生在白垩纪营地事件发生六年之后。在这个世界里，恐龙已经成功被复活，并再次成为世人瞩目的焦点。然而，随着时间的推移，恐龙们开始展现出不可预测的变异现象，引发新的危机。

“努布拉六人”的成员们正努力在岛屿之外站稳脚跟，却发现自己身处一个充满恐龙和野心勃勃之人的世界。在一场悲剧之后，他们重聚并发现自己正在被追捕，于是迅速展开了一场全球冒险。在这场冒险中，他们不仅要面对变异恐龙的威胁，还要揭开隐藏在恐龙世界背后的阴谋。

随着剧情的深入，探险者们逐渐发现，这场阴谋不仅威胁着恐龙的生存，更关乎人类的未来。他们不仅要与恐龙斗智斗勇，还要与那些试图利用恐龙满足私欲的人类进行斗争。在一系列惊心动魄的冒险中，他们展现了勇气和智慧，并逐渐接近真相。