《只有神知道的世界第二季》继续了第一季的剧情。在这部动漫中，擅长恋爱游戏甚至被称为“攻略之神”的高中生桂木桂马，在来自冥界的恶魔艾露西的强迫下，与她结下了地狱的契约。两人已经一起成功捕捉了四只驱魂，而这一次在二人面前出现了新的驱魂队成员。

在这一季里，桂马遇到了新的攻略对象，包括武术传承者春日楠、现实女孩中的现实女孩小阪千寻以及学校的实习教师长濑纯。春日楠是女子空手道部的社长，桂马为了接近她而加入社团，但楠有两个不同的面貌，她为了打倒软弱的自己而与桂马约会，试图将“女性楠”诓骗出来作战。

与此同时，艾露希的同学，也是这一带的地区长，一个非常优秀的恶魔出现，驱魂狩猎的话题让另一位角色白娅的表情骤变。桂马等人在旧剧院里发现了逃跑的驱魂，白娅与艾露希两人最终要将它抓住，结果被驱魂操纵的学生们打搅，驱魂再次逃跑了。

这一季充满了爱情、冒险和喜剧元素，桂马与伙伴们继续展开驱魂攻略的故事。