《圣石奇兵》的剧情发生在《爆丸小子》故事完结后的二十多年。周毅火和龙凌音已经成为考古学家，但在一次考古探险中突然失踪，留下他们的儿子周小火独自面对世界。周小火在父母的考古研究中发现，爆丸的属性与一项巨大的秘密有关，这项研究背后隐藏着实力雄厚的天网宇宙机构的资助。

根据父亲的考古资料，周小火得知早在远古时期，卡片就曾来到地球，并在世界各地留下存在的证据。周毅火发现解答爆丸所有奥秘的关键是一块石板——终极圣石。这块圣石不属于已知的六种元素，而是第七元素，代表着万物的根源，能对物质、肉体甚至灵魂产生影响。

为了找出父母失踪的真相，周小火带上升级后的爆丸踏上冒险之路。在命运的安排下，他与其他五位伙伴相遇，并一起用手中六只强大的爆丸对抗敌人西摩。经过一系列挑战和战斗，他们最终成功打败了西摩，揭开了终极圣石的秘密，也找到了周毅火和龙凌音的下落。