《.hack//根源》的剧情发生在西元2017年，世界最大的网络游戏“The World R:2”中。一个17岁的高中生，受到网络的神秘力量吸引，创建了名为“ハセヲ”的角色并登录游戏世界。然而，他很快发现，这个游戏世界与他从朋友那里听到的完全不同，这里充斥着被允许的PK行为（玩家间的对战），弥漫着杀戮的氛围。ハセヲ很快便遭遇了PK，并在游戏中“死亡”（即角色失去生命值）。

救下ハセヲ的是一名名为“オーヴァン”的电脑角色。オーヴァン告诉对游戏产生不快感的ハセヲ，他拥有某种“资质”。从那之后，ハセヲ开始接触到“The World”中的许多知名玩家，包括咒疗士费罗、斩刀士恩达、咒疗士志乃等，他们似乎都与オーヴァン的话语有所关联。

随着剧情的深入，ハセヲ逐渐了解到，オーヴァン是“黄昏旅团”的成员，这个旅团在游戏中有着特殊的目的和影响力。ハセヲ被卷入了一系列的事件中，开始探索这个虚拟世界的深层秘密。