《剧场版魔法少女小圆 前篇 起始的故事》剧情紧凑且引人入胜。

就读于市立见泷原中学二年级的女孩鹿目圆，过着平凡无奇的生活。一天晚上，她梦见一个伤痕累累的少女与神秘生物交战。次日，名叫晓美焰的女孩转到小圆的学校，小圆惊讶地发现她与梦中的女孩一模一样。放学途中，小圆与好友美树沙耶加遭遇了梦中的神秘生物——丘比，丘比已经伤痕累累、奄奄一息，而追杀丘比的正是转校生晓美焰。小圆和沙耶加救下了丘比，却意外闯入了一个神秘空间。关键时刻，魔法少女巴麻美出现并救了她们。巴麻美是她们的学姐，在寂寞与危险中独自应对一切。

丘比向小圆等人透露，它可以和少女们签订契约，让她们成为魔法少女。面对突如其来的变化，小圆和朋友们将如何应对？魔法少女的奇妙世界又隐藏着怎样的秘密？

随着剧情的推进，五位魔法少女的成长与冒险故事逐渐展开，各种错综复杂的因果关系将剧情推向高潮，最终走向一个令人意想不到的结局。