《兴风作浪3》的剧情紧凑且充满反转。故事起始于一个普通的家庭，马六因邻居的闲言碎语而心生疑虑，决定进行亲子鉴定以确认儿子是否亲生。然而，鉴定结果却如晴天霹雳，显示他与儿子并无血缘关系。

面对这一结果，马六愤怒而困惑，与妻子牛芸的争执更是加剧了家庭矛盾。在进一步的追查中，他们意外地发现了马六自己的身世之谜——原来他也不是父亲的亲生儿子。这一发现让整个家庭陷入混乱，原本的平静生活被彻底打破。

为了维护家庭的和睦，马六开始费尽心思地经营家庭关系，但结果却适得其反，笑料百出。在经历了一系列的误解、争执和和解后，家庭成员们最终接受了这个事实，并重新找到了彼此之间的信任和依靠。电影以温馨和理解的氛围结束，展现了家庭的力量和温暖。