《大明劫》的剧情发生在明朝崇祯年间，全国瘟疫横行，十室九空。在这样的背景下，江湖游医吴又可临危受命，被任命为钦点医官赴疫区治病。然而，他却发现许多官员和乡绅为了私利而阻碍治疗，导致疫情愈发严重。

与此同时，大明军队在东北抗击后金军队，战事紧张。总兵孙传庭因为内部矛盾导致粮草不济，处于困境。他不得不从疫区抽调军医和粮草，使得疫情进一步失控。

吴又可决定挺身而出，历经千难万险，最终研制出有效的药方，控制了疫情。然而，他的行为却触怒了当权者，被陷害入狱。孙传庭在得知消息后，决定舍弃个人利益，与吴又可联手，最终揭露了真相，平息了疫情。两人在历经磨难后，也对国家的命运有了更深刻的理解和感慨。

电影以紧凑的叙事和生动的历史背景，展现了古代中国社会的复杂性和人们在逆境中的勇气和智慧。同时，也引发了观众对于历史和现实的深刻思考。