《假面骑士铠武剧场版：足球大决战！黄金果实争夺杯！》的剧情设定在一个以足球决定胜负的平行世界中。泽芽市的运动场上，葛叶纮汰率领的Team.铠武与驱纹戒斗的Team.Baron为争夺“全骑士杯”展开激烈角逐。比赛中，本应死去的角居裕也意外出现，而多个已“死亡”的角色也在场边观战，这一切让纮汰感到不安。

随着比赛进入白热化，一个自称神的男人——光金/假面骑士Mars开始实施歼灭所有“装甲骑士”的计划，揭露了背后更可怕的阴谋。同时，谜一样的少年拿比素的出现，以及被“邪恶之种”侵染后化身为假面骑士铠武·暗的纮汰，使得局势更加复杂。

最终，各装甲骑士团队为了争夺代表无上荣耀的“黄金果实”，在足球场上展开了一场前所未有的大决战。在这场战斗中，假面骑士们不仅要面对强大的敌人，还要解开背后的谜团，守护泽芽市的和平。