《中国刑警之九月风暴》的剧情发生在喧嚣热闹的春江市。故事开篇，市中心银行总行前，数名暗藏枪械的犯罪成员按预定计划混迹在人群中，准备抢劫银行，一场灾难危机即将发生。公安局审讯室内，刑警队长赵忠实历经艰辛，终于让开锁专家机械马供出了郑治成团伙将在十二点前洗劫银行的计划。然而，狡诈的郑治成在接到警告电话后，突然拔枪射击，导致机械马当场死亡，赵忠实和多名同事也身受重伤。

随后，郑治成和军师吴林在逃脱警方追捕的过程中，来到他们的秘密公寓。他们背后的老板王佳惠为了让他们继续行动，交付了十万元现金。另一边，赵忠实对孙局长的决定产生怀疑，同时，他还要处理因女儿月月被郑治成绑架而引发的危机。

在刘语的指示下，郑治成开始了暗杀计划，纺织厂厂长和商场经理先后被刺杀。赵忠实通过分析，认为郑治成不过是被人收买的杀手，真正幕后指使的人应该是周建成夫妻的亲友。于是，警方立即行动，将当年和周建成有关的人员纳入暗中监控保护之中。

最终，经过一系列斗智斗勇的较量，警方能否成功抓捕郑治成，解救出人质月月，还需观众自行观看剧集揭晓。