《他爱上我的理由第二季》的剧情紧接第一季展开。东大毕业的精英教师冰川彻，在取得律师资格后，在法律事务所开始了新的工作。由于全球新型病毒的影响，学校停课，人们的生活方式也发生了变化。

在第二季中，冰川彻的前男友赤城真澄在经历了一系列事件后，辞去了高中教师的工作。真澄的母亲美智子，同时也是三枝的同事，得知三枝因道德骚扰而辞职的真相后，试图为儿子找出回归的道路。冰川彻得知真澄的困境后，心中再起波澜，决定前往真澄原工作的高中调查真相。在那里，他遇到了学生淳和真崎，并从他们那里得到了关于事件的一些线索。

随着调查的深入，冰川彻逐渐揭开了道德骚扰事件的真相，同时也面临着自己内心的挣扎和情感的纠葛。他与真澄之间的关系也再次变得复杂，两人需要在解决事件的同时，重新面对彼此的感情。