《爱宠大机密2》的剧情紧接着前作的欢乐氛围。在繁华都市的一栋公寓里，宠物们的生活依旧丰富多彩。然而，这次的故事却从一只新搬来的流浪狗“鲁叔”开始。鲁叔经历了坎坷的人生，他的到来打破了公寓的平静，引发了一连串的误会和冲突。

宠物们为了维护自己的家园和友情，不得不团结起来对抗鲁叔。然而，随着他们逐渐深入了解鲁叔，发现了他背后隐藏的感人故事。鲁叔曾经是人类的忠诚伙伴，但因为主人的离世而流落街头。他的孤独和警惕，其实是对失去信任的恐惧。

宠物们决定帮助鲁叔找回那份信任，同时也让彼此之间的友情更加深厚。他们一起面对困难，共同解决问题，最终帮助鲁叔找到了新的归宿。在这个过程中，宠物们收获了成长，也明白了友情的真谛：无论种族、年龄、经历，只要心中有爱，就能跨越一切障碍，成为彼此最坚实的依靠。