韩剧《三十九》的剧情围绕三位即将四十岁的女性展开。车美昭是一位皮肤科医院的院长，她自小被收养，与养父母和姐姐关系融洽。然而，她患上了恐慌症，只有服用安眠药才能入睡，因此计划出国休假一年。在休假前，她与刚回韩国发展的金善优发生了一夜情，而金善优恰好是她新招聘的院长。

郑灿荣是一名演技老师，她曾深爱着已婚的金真皙，尽管两人没有不正当关系，但真皙的优柔寡断让她痛苦不已。在剧情发展中，灿荣被诊断出患有癌症，生命进入倒计时。

张珠喜是百货店化妆品经理，她的生活一直平淡无奇，直到遇到中餐厅老板朴贤俊。朴贤俊对她一见钟情，甚至为她延长了餐厅的营业时间。珠喜终于体验到了爱情的滋味。

三位好友在即将步入四十岁之际，各自经历了人生的重大变故。美昭在爱情上遇到了新的可能，灿荣则面临生命的终结，珠喜终于找到了真爱。她们在相互扶持中，共同度过了这段波澜万丈的三十九岁时光。