《暗恋99天》是一部关于暗恋与选择的剧情片。影片中，男主角秋柄在朋友婚礼上对女主角朱莉一见钟情，之后开始了他99天的暗恋。他每日默默地关注朱莉，却不敢表白。朱莉是一个独立且有追求的女性，对感情持谨慎态度。

剧情逐渐展开，秋柄的暗恋行为被朱莉的朋友揭露，使朱莉对秋柄产生了好奇。两人的关系因此逐渐升温，开始了一段朦胧的恋情。然而，秋柄的好友也暗恋着朱莉，这令他在友情与爱情之间陷入两难境地。同时，朱莉也面临着自己的职业选择，这使她在感情与事业之间犹豫不决。

在剧情的高潮部分，秋柄决定在99天后向朱莉表白。然而，在表白的当天，他得知朱莉可能要离开香港。面对可能失去的爱情，秋柄做出了自己的选择，而朱莉也在最后一刻做出了决定。电影以开放式的结局结束，留给观众无限的想象空间。