《星际迷航：发现号》第三季的剧情扣人心弦，充满科幻与冒险元素。故事从2020年开始，迈克尔·伯纳姆（Michael Burnham）带领发现号团队，在一次穿越虫洞的探险中，意外地来到了930年后的未来。他们发现，未来的星际联邦已不复存在，而背后的原因竟然是一个小孩情绪失控导致的能量源二锂的消失。

在这一季中，发现号遭遇重重困难。他们不仅要面对未知的宇宙环境，还要解决内部的矛盾和纷争。在一次事故中，发现号严重受损，撞上了某星球的冰川，动弹不得。而船长也一度被当地势力欺负，处境艰难。

与此同时，一股神秘力量企图控制发现号，欧萨拉（Osyraa）出现并谋求与星际联邦的万斯上将会面。迈克尔和船员们为了夺回自己的飞船，展开了激烈的斗争。他们在自救的过程中，不仅要对抗外部的敌人，还要面对内心的恐惧和挣扎。

最终，在全体船员的共同努力下，他们成功地克服了重重困难，找回了自己的飞船，并向着更加广阔的宇宙进发。