《蓝色监狱VS. U-20 JAPAN》的剧情围绕着日本足球的一项特殊计划——“蓝色监狱”展开。在2018年日本冲击世界杯失败后，为了培育出一个能够带领日本获得世界级胜利的射手，日本足球联盟设立了这一计划。该计划招募了全日本300名18岁以下、具有天赋的高中前锋球员，进行一场残酷的淘汰赛式强化合宿选拔。

选拔地点是一个封闭的蓝色建筑，被称为“蓝色监狱”。在这里，球员们被分为不同的组，通过比赛和训练，他们的排名每天都会根据表现和比赛结果升降。最终，排名前五的球员将成为U-20世界杯的登录前锋，而被淘汰的人则终生无法进入国家队，只能在俱乐部踢球。

在这场激烈的竞争中，球员们不仅要面对强大的对手，还要面对内心的挣扎和道德的考验。他们开始意识到，为了胜利，必须学会自私，重新思考足球的本质。在这样的环境下，球员们逐渐觉醒了身为射手的Ego，为了将自己的名字铭刻于世，他们不惜一切代价，跨越了盘旋着Ego的狂热生存战。

最终，从300名球员中脱颖而出的35人，将代表“蓝色监狱”，与U-20日本代表队展开一场史上最疯狂的决胜赛。