《蓝色监狱 VS U-20 JAPAN》的剧情围绕着日本足球的一次大胆尝试展开。在2018年日本冲击世界杯失利后，为了培养出能打破僵局的世界级前锋，日本足球联盟设立了“Blue Lock（蓝色监狱）”计划。该计划招募了300名天赋异禀的高中前锋球员，将他们置于一个封闭的足球训练环境中，进行残酷的淘汰赛。

在这个被称为“蓝色监狱”的地方，球员们不仅要面对严苛的训练，还要在激烈的竞争中求生存。他们的目标只有一个，那就是成为最终的五名优胜者，代表日本参加U-20世界杯。然而，这里的竞争异常残酷，被淘汰的人将永远失去加入日本国家队的资格。

在这样的高压环境下，球员们的自我意识和求生欲望被激发到了极致。他们时而联手合作，时而互相背叛，只为了能在这场生存战中脱颖而出。经过一轮又一轮的激烈比拼，最终有35人成功存活下来，他们不仅要面对自己内心的挣扎，还要迎接与U-20日本代表队的最终对决。