《荒川爆笑团第二季》剧情承接第一季，继续讲述在荒川河河床这块天朗气晴、水景迷人的小天地里，一群乐天、爱幻想的电波族发生的趣事。

世界顶级企业的社长独生子小招（真名是市之宫行），某日因为溺水而被荒川河畔的流浪美少女小珊救了一命。坚持“有恩必报、不欠人情”家训的小招决定留在荒川河畔来报答小珊的救命之恩，而小珊提出的要求竟然是“和我谈恋爱吧”。两人就此在荒川河畔展开了一段同居生活。

在这一季中，小招和小珊经历了爱的斗争（如星星和小招的音乐比试）、死亡的威胁（如史黛拉的失恋）等事件，他们的关系也在这些经历中逐渐升温。与此同时，荒川河畔的其他居民也各自有着自己的生活和故事，他们与小招和小珊之间产生了许多有趣且温馨的互动。

整个剧情充满了夸张、搞笑和温馨的元素，同时也探讨了个人价值的实现和认同等深刻主题。