《高达创形者 再起》的剧情发生在“高达模型联网对战”（GBN）的世界。经过版本升级后的GBN加入了感觉反馈功能，使得代入感得到进一步提升。在这个世界里，悠人、风见、芽依和帕维兹这些孤独的玩家，因为某个契机组成了一支新的“创形者”队伍。

他们得知任务是帮助兽人击败“独眼族”，于是开始了战斗。然而，在激战之后，静止卫星射出的一道光芒提示着一种可能：他们一直在战斗的“艾多拉行星”或许并不是GBN的世界，而是现实的存在。这一发现让创形者队一度止步不前。

随着剧情的深入，他们发现自己在GBN中受到的伤会出现在现实中，艾多拉被攻击也会对现实世界造成影响。这一切让创形者队意识到，他们面对的已经不再是简单的游戏，而是真正的战场。他们必须承担起拯救艾多拉的重任，查明统率独眼族的亚尔斯的身份，并寻找被困在艾多拉中的潜行者志堂真辉的意识。

在第二季中，他们决定在线下见面，共同商讨对策，背负起重担，重新上路，面对更多的挑战和未知。