1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱，地球上相继出现各种奇怪的自然现象。11岁的少年八神太一与伙伴石田大和、武之内空、泉光子郎、太刀川美美、城户丈、高石武一起参加了夏令营，却意外被送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了名为“数码宝贝”的搭档。

进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，危急时刻，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。随着冒险的深入，他们遇到了更多的挑战，包括法易路岛的恶魔兽、沙拔大陆的猿猴兽，以及入侵现实世界的吸血魔兽等。在与这些敌人的战斗中，他们不断成长，数码宝贝们也变得更加强大。

最终，孩子们在八个孩子的共同努力和数码兽们的帮助下，打败了黑暗势力，守护了两个世界的和平。在冒险的尽头，他们见证了数码世界的重生，新的数码蛋降落在创始村，预示着新的世界即将诞生。