1999年,由于数码世界资料异常增生,导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱,地球上相继出现各种奇怪的自然现象。11岁的少年八神太一与伙伴石田大和、武之内空、泉光子郎、太刀川美美、城户丈、高石武一起参加了夏令营,却意外被送到了一个多彩的数码世界。在那里,他们得到了名为“数码宝贝”的搭档。
进入数码世界后,八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽,危急时刻,太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽,拯救了他们。随着冒险的深入,他们遇到了更多的挑战,包括法易路岛的恶魔兽、沙拔大陆的猿猴兽,以及入侵现实世界的吸血魔兽等。在与这些敌人的战斗中,他们不断成长,数码宝贝们也变得更加强大。
最终,孩子们在八个孩子的共同努力和数码兽们的帮助下,打败了黑暗势力,守护了两个世界的和平。在冒险的尽头,他们见证了数码世界的重生,新的数码蛋降落在创始村,预示着新的世界即将诞生。